組合は、天正１８年（１５９０年）徳川家康が江戸城に入城したとき、駿河、遠江、三河の諸国から材木商人を呼び寄せ、江戸城をはじめ江戸の町づくりのための材木調達を命じたことから始まった。

　その後、延宝年間に問屋を分離し、材木仲買仲間として幕府の官許を得て、５００余名の株（同業組合員）を立ててきた。

　明治維新後は、新政府の示達に従って材木渡世組合、材木仲買小売組合を設立。さらに明治２４年、東京材木商組合に改称。明治４３年、法律による東京材木商同業組合を結成。昭和１７年、木材統制法が施行され、解散するまでは、業界の中心として運営されてきた。

　戦時木材統制が解除され、昭和２１年に組合組織を復活させた。